In passato, Emys orbicularis veniva cacciata per essere consumata come alimento. Oggi è una specie protetta, minacciata principalmente dalla distruzione del suo habitat naturale: il prosciugamento delle zone umide, la regolazione artificiale dei corsi d’acqua e l’inquinamento delle acque rappresentano i principali pericoli. Inoltre, la soppressione della vegetazione con mezzi meccanici può causare gravi danni, ferendo gli adulti e distruggendo i nidi.